La repressió brutal de Franco va fer que alguns sectors optessin per la lluita armada com a única opció per desafiar el règim. Aquesta es va concentrar, principalment, en grups relacionats amb l'independentisme, l'anarquisme i els moviments d'extrema esquerra. Alhora, el mateix Estat franquista va fer servir el terrorisme d'Estat en forma d'assassinats i desaparicions dels dissidents. Els aparells repressius del franquisme, com la Brigada Politicosocial, van dur a terme detencions arbitràries i tortures contra estudiants, obrers, intel·lectuals i activistes polítics. La Guàrdia Civil i la policia franquista estaven involucrades en operacions que en molts casos implicaven execucions extrajudicials.
“ Els que van agafar les armes no eren guerrers per vocació,
sinó ciutadans que van refusar viure agenollats davant la tirania
— Joan Brossa
El grup més actiu va ser ETA (Euskadi Ta Askatasuna, "Pàtria Basca i Llibertat") que es va fundar el 1959 com una escissió del Partit Nacionalista Basc en un context de repressió política i cultural. Inicialment, l'organització era un moviment que promovia la defensa de la identitat i la llengua basques, però aviat va derivar cap a l'ús de la violència per aconseguir la independència d'Euskal Herria. Malgrat la repressió del règim, ETA va guanyar simpaties en alguns sectors de la societat basca, que veien l’organització com una força de resistència contra la dictadura, tot i que els seus mètodes violents també van generar controvèrsia i divisió. L'assassinat de Luis Carrero Blanco el 1973, president del govern i figura clau del règim, va ser un dels seus atemptats més significatius, desestabilitzant el franquisme en els seus últims anys. Amb la mort de Franco el 1975 i l'inici de la transició democràtica, ETA va rebutjar les concessions del nou govern, inclosa la creació d’un Estatut d'Autonomia per al País Basc, i va continuar cometent segrestos i atemptats.
A Catalunya, tot i que la major part del moviment independentista català optava per la resistència no violenta i la defensa de la identitat cultural catalana, també van sorgir alguns grups que van adoptar tàctiques violentes. Un d'aquests va ser el Front Nacional de Catalunya (FNC), fundat el 1940, que, si bé a l'origen va ser un moviment polític i de resistència cultural, en certs moments també va realitzar accions violentes, atemptats i sabotatges.
En el camp anarquista, just acabada la guerra, va sorgir el Moviment Llibertari, una organització revolucionària que englobava diversos col·lectius i sindicats d'ideologia llibertària, com la CNT i la Federació Anarquista Ibèrica (FAI). El Moviment Llibertari no va ser un moviment terrorista en la seva essència, encara que en certs moments i circumstàncies, alguns dels seus membres o grups afins van recórrer a la violència com a resposta a la brutal repressió del franquisme i a l'intent de mantenir viva la lluita. Un dels grups més actius va ser el de Francesc Sabaté Llopart, conegut com "El Quico", que va participar en nombroses accions de resistència armada durant els anys 40 i 50, incloent-hi atracaments, sabotatges i atemptats contra forces del règim. Un altre anarquista destacat va ser José Luis Facerías, que, igual que Sabaté, va lluitar contra el règim amb tàctiques de guerrilla urbana, participant en atracaments i atemptats fins a la seva mort el 1957, a Barcelona.
A l'última fase del franquisme, especialment a la dècada dels setanta, l'auge de moviments d'extrema esquerra a tot Espanya també va tenir el seu ressò a Catalunya. Alguns grups van adoptar tàctiques violentes, influenciats pel clima revolucionari internacional i la lluita contra les dictadures. Un exemple destacat va ser el Moviment Ibèric d'Alliberament (MIL), un grup anarquista i marxista, creat el 1971. El seu membre més famós va ser Salvador Puig Antich, que va ser detingut el 1973 després d'un tiroteig en què va morir un policia franquista. Puig Antich va ser condemnat a mort i executat per garrot vil el 1974, en un cas que va generar una gran indignació internacional i que el va convertir en un símbol de la repressió franquista.
